古时候，人类和精灵宝可梦之间的隔阂尚存。
在前往洗翠地区的船上，晓星回忆起他父亲第一次带他前去的情景。
「人类和宝可梦是无法共存的！」
这是幼小的晓星一直以来被父亲灌输的思想。
就在这时，在一个被深雪覆盖的森林中，晓星遇到了一只洗翠地区的精灵宝可梦，索罗亚----。
人类和精灵宝可梦之间真的没办法共存吗？